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样本切多厚、panel 怎么选？空间原位实验难点一次解答（附实战手册）


生物学霸
2026-05-23 17:09·浙江·网易号健康内容作者

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当你拿到宝贵的组织切片，准备开展一次空间原位实验时，脑海中是否盘旋着这些实际问题：样本该切多厚？新鲜冷冻和石蜡包埋的流程有何不同？几百个基因的 panel 该如何设计？数据量巨大，又从哪里看起？

对于任何计划将单细胞数据升级到空间维度的研究者来说，这些实操细节，远比「样本是否稀有」更令人却步。 无论你的样本是穿刺得来的一小块，还是常规手术标本，一份清晰的「实战手册」，往往比理论讲解更能让你安心地迈出第一步。

Xenium 空间原位技术可以丝滑破局这些问题：一张切片可同时解析数千个基因、蛋白和形态学，帮你从实验规划到肿瘤微环境免疫亚群、阿尔茨海默病病理分析一步到位。想让您的单细胞数据无缝跃升至空间原位层面？我们为您整理了【Xenium 空间原位技术实战手册】（包含实验规划指南、样本制备避坑及前沿研究案例等），扫码下方二维码，即可免费领取。



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实验规划第一步：八个核心问题助您理清思路

在正式开展空间原位分析前，先问自己这 8 个问题，能帮你少走几个月弯路：我想回答什么科学问题？需要哪些设备或经验？样本该如何保存、切片、放置？如何选择靶点？细胞分割怎么实现？数据怎么分析和可视化？存储空间够不够？——在资料包中针对这些问题都逐一给出了答案。

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样本制备避坑指南：新鲜冷冻与 FFPE 的切片厚度、温度及放置技巧

新鲜冷冻样本：推荐切片厚度 10 μm，刀片温度 -20℃、样本头温度 -10℃。长时间切片时，建议短暂关闭冷冻室以使温度平衡。

FFPE 样本：推荐切片厚度 5 μm，水浴温度 42℃。首次运行前建议使用非实验组织块进行 HE 染色练习，并优化切片参数。

组织放置：Xenium 载玻片样本区约 236 mm2，切片之间不重叠即可。制备好的载玻片可储存长达两个月，无需当日立即上机。

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四种靶点选择路径，适配不同研究需求

预设计基因组合：针对特定生物靶点，采用数据驱动策略设计，可直接使用。

附加定制：在预设计组合基础上添加最多 100 个自定义基因。

完全定制：针对大多数具有完备转录组注释的物种，设计多达 480 个基因。

蛋白质亚组合：可同时检测 23 种蛋白质及 4 种细胞分割标志物，实现 RNA 与蛋白同片共检。

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细胞分割的多模态算法：三步定边界

Xenium 机载软件自动完成细胞分割：第一步直接推断细胞边界，可区分 0 个、1 个或多个细胞核；第二步对有单个细胞核的细胞进行内部分割；第三步对缺失边界或内部染色的细胞进行细胞核扩展，扩展距离为 5 μm（或直至遇到另一个细胞的边界）。每个细胞的转录本分配清晰可追溯。

5

数据分析和可视化工具

运行结束时即可获得可解读的数据，无需额外等待。免费桌面软件Xenium Explorer支持任意缩放、平移及单条转录本的可视化。数据以开放格式输出，亦支持第三方工具进行深度扩展分析。

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实战案例速览（资源包内附完整报告）

肿瘤微环境：利用 380 基因的 Xenium 人类免疫肿瘤学组合，在卵巢癌、肺癌、胰腺癌和脑癌样本中精准区分癌细胞、免疫细胞与基质细胞，识别 T 细胞耗竭、三级淋巴结构及胶质母细胞瘤假栅栏结构。

阿尔茨海默病模型：采用定制 347 基因的小鼠大脑组合，定位 Aβ 斑块周围 50 μm 内活化胶质细胞的富集及多种斑块诱导基因（PIG）的上调，空间分辨率达到亚细胞水平。

内容策划：王丹琦

内容审核：朱卿

题图来源：图虫创意








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